오딧세이 바이블 The Book of OHDSI
2019-12-02
서문
이 책은 오딧세이 OHDSI, Observational Health Data Sicence and Informatics 커뮤니티가 작성한 The Book of OHDSI이다. 이 책은 OHDSI 관련 모든 지식의 중앙 저장소 역할을 담당하고자 쓰였으며 오픈소스 개발 도구를 통해 커뮤니티에 의해 관리되는 생명력 있는 문서로 계속 진화하고 있다. 영문판: ohdsi.github.io/TheBookOfOhdsi/
이 책의 목표
이 책은 OHDSI 관련 모든 지식의 중앙저장소 역할을 담당하고자 쓰였으며 OHDSI 커뮤니티, CDM 데이터 기준과 OHDSI 도구에 중점을 두었다. OHDSI 초보자와 숙련자 모두를 위해 현실적으로 필요한 이론과 사용 방법에 대한 교육을 제공하는 실용적인 목표를 가지고 있다. 이 책을 읽은 뒤 당신은 OHDSI란 무엇인가, 또한 그 여정에 어떻게 동참할 것인가에 관하여 이해하게 될 것이다. 또한 CDM과 표준화된 용어가 무엇인지, 이러한 것이 관찰 보건 데이터베이스의 표준화에 어떻게 사용되는지 알게 될 것이다. 이 데이터에 대해 임상적 특성 분석 clinical characterization, 인구 수준 측정 population-level estimation, 환자 수준 예측 patient-level prediction, 이 3가지 주요 이용 사례를 배우게 될 것이다. 이 책을 통해 이 3가지 활동을 지원하는 OHDSI의 오픈 소스 도구와 사용법에 대해 익히게 될 것이다. 데이터 품질, 임상적 타당성, 소프트웨어 타당성, 방법론적 타당성 등에 관한 장에서 CDM에서 생성된 근거의 품질을 어떻게 확립했는지를 설명할 것이다. 마지막으로, 분산 연구망에서 이러한 연구를 실행하기 위해 OHDSI 를 어떻게 사용하는지를 배우게 될 것이다.
이 책의 구성
이 책은 5개의 주요 섹션으로 정리되어있다:
- 오딧세이 커뮤니티
- 단일한 데이터 표현
- 데이터 분석법
- 근거의 품질
- 오딧세이 연구
각 섹션은 다수의 장 Chapter으로 구성되어 있으며 각 장은 아래의 순서대로 해당 장에 맞게 구성되어 있다: 서론, 이론, 실행, 요약, 예제.
기여자
원문의 각 장은 해당 장을 이끈 주요 작성자를 표기하고 있다. 그러나 주요 작성자 외에도 이 책을 완성하는데 기여를 한 많은 사람이 있으며 아래의 기여자에게 감사를 표한다:
| Hamed Abedtash | Mustafa Ascha | Mark Beno |
| Clair Blacketer | David Blatt | Brian Christian |
| Gino Cloft | Frank DeFalco | Sara Dempster |
| Jon Duke | Sergio Eslava | Clark Evans |
| Thomas Falconer | George Hripcsak | Vojtech Huser |
| Mark Khayter | Greg Klebanov | Kristin Kostka |
| Bob Lanese | Wanda Lattimore | Chun Li |
| David Madigan | Sindhoosha Malay | Harry Menegay |
| Akihiko Nishimura | Ellen Palmer | Nirav Patil |
| Jose Posada | Nicole Pratt | Dani Prieto-Alhambra |
| Christian Reich | Jenna Reps | Peter Rijnbeek |
| Patrick Ryan | Craig Sachson | Izzy Saridakis |
| Paola Saroufim | Martijn Schuemie | Sarah Seager |
| Anthony Sena | Sunah Song | Matt Spotnitz |
| Marc Suchard | Joel Swerdel | Devin Tian |
| Don Torok | Kees van Bochove | Mui Van Zandt |
| Erica Voss | Kristin Waite | Mike Warfe |
| Jamie Weaver | James Wiggins | Andrew Williams |
| Seng Chan You |
소프트웨어 버전
이 책의 많은 부분은 OHDSI의 오픈소스 소프트웨어를 다루고 있으며 이 소프트웨어는 시간이 지나면서 계속 진화해 나갈 것이다. 개발자는 사용자에게 일관되고 안정적인 경험을 제공하고자 최선을 다할 것이나, 시간이 지나면서 소프트웨어의 개선으로 인해 불가피하게 이 책의 내용이 더 이상 맞지 않는 경우가 발생할 것이다. 이를 보완하기 위해 커뮤니티는 온라인 버전을 통해 변화를 계속 업데이트할 예정이며 새로운 에디션의 실물 책을 출간할 예정이다. 이 책이 쓰인 버전의 소프트웨어 버전은 아래와 같다:
- ACHILLES: version 1.6.6
- ATLAS: version 2.7.3
- EUNOMIA: version 1.0.0
- Methods Library packages: 테이블 0.1 참조
| Package | Version |
|---|---|
| CaseControl | 1.6.0 |
| CaseCrossover | 1.1.0 |
| CohortMethod | 3.1.0 |
| Cyclops | 2.0.2 |
| DatabaseConnector | 2.4.1 |
| EmpiricalCalibration | 2.0.0 |
| EvidenceSynthesis | 0.0.4 |
| FeatureExtraction | 2.2.4 |
| MethodEvaluation | 1.1.0 |
| ParallelLogger | 1.1.0 |
| PatientLevelPrediction | 3.0.6 |
| SelfControlledCaseSeries | 1.4.0 |
| SelfControlledCohort | 1.5.0 |
| SqlRender | 1.6.2 |
The Book of OHDSI가 쓰인 과정
이 책의 원문인 The Book of OHDSI는 bookdown 패키지를 사용한 RMarkdown으로 쓰였다. 온라인 버전은 지속적 통합 시스템인 “travis”를 통해서 https://github.com/OHDSI/TheBookOfOhdsi의 저장소를 사용해 자동작성되었다. 이러한 온라인 버전은 정기적으로 스냅샷 형식으로 저장되며 이렇게 저장된 파일을 “에디션”이라 표기한다. 이 에디션의 실물 책자는 아마존에서 구입 가능하다.
이 책이 번역된 과정
2019년 OHDSI 심포지엄에서 The Book of OHDSI가 배포된 이후, 한국 OHDSI 연구자가 공동으로 번역 작업을 진행하였다. 원문과 마찬가지로 bookdown 패키지를 동일하게 사용하여 작성하였다. 원문 또는 번역의 오류가 발견된다면 한국 오딧세이 포럼 http://www.ohdsikorea.org/에 활발한 의견 개진을 바란다.
한국 및 국제 OHDSI 네트워크의 발전을 위하여 대가를 바라지 않고, 번역 작업에 힘써주신 다음의 공동 번역자에게 큰 감사의 말씀을 드린다.
| 이름 | 소속 |
|---|---|
| 강미라 | 성균관대학교 |
| 김도엽 | 아주대학교 |
| 김민아 | 삼성서울병원 |
| 김이석 | 한양대학교 |
| 김청수 | 아주대학교 |
| 박래웅 | 아주대학교 |
| 박유진 | 아주대학교 |
| 박지명 | 아주대학교 |
| 박철형 | 아주대학교 |
| 신서정 | 아주대학교 |
| 양영모 | 아주대학교 |
| 오송희 | 아주대학교 |
| 유승찬 | 아주대학교 |
| 유재용 | 성균관대학교 |
| 윤선영 | 삼성서울병원 |
| 이선경 | 아주대학교 |
| 이성원 | 아주대학교 |
| 이일동 | 성균관대학교 |
| 임지연 | 동국대학교 |
| 장동경 | 성균관대학교 |
| 장진성 | 삼성서울병원 |
| 전명훈 | 아주대학교 |
| 전호균 | 아주대학교 |
| 조재형 | 아주대학교 |
| 차원철 | 성균관대학교 |
한국판 번역에 부쳐
Martijn Schumie, David Madigan
한국 오딧세이 Korean Chapter of OHDSI는 유전체 및 방사선 영상 자료 등을 위한 공통 데이터 모델 Common Data Model의 확장, 새로운 OHDSI 소프트웨어 개발 및 OHDSI 기반 주요 임상 연구 등 OHDSI의 다양한 분야에 혁혁한 공헌을 해왔다. CDM의 광범위한 채택으로 인해 한국은 전국 규모의 탄탄한 분산 연구망을 구축하였다. 한국의 OHDSI 연구자는 한국 오딧세이 심포지엄을 조직하여 전 세계의 연구자를 한국으로 초대할 뿐 아니라, 미국, 유럽, 아시아 각국의 OHDSI 심포지엄에도 열성적으로 참여하고 있다. 우리는 OHDSI의 공동체 정신을 한국에서 생생하게 느낄 수 있다.
이 책의 원문인 The Book of OHDSI는 한국의 연구자를 포함한 전 세계 OHDSI 커뮤니티에 의해 OHDSI 커뮤니티를 위하여 작성되었다. 우리는 한국 오딧세이가 이 책을 단기간 내에 한국어로 번역한 것에 대해 경탄을 금치 않으며, 이 책의 번역이 한국 오딧세이에 중요한 이정표가 되리라 믿어 의심치 않는다.